区域生态平衡严重失调。
长江、黄河等大江大河源头区的生态环境恶化加剧，沿江沿河的重要湖泊、湿地日趋萎缩，江河断流、湖泊干涸、地下水位下降严重，林草植被退化，生态功能下降，洪涝灾害、沙尘暴加剧；
海洋和淡水渔业水域污染加重，海蚀范围扩大，水域渔业功能削弱；资源的不合理开发导致生态破坏问题依然严重，环境恢复治理滞后。
生物多样性受到严重威胁。
全国野生动植物物种丰富区的面积不断减少，珍稀野生动植物栖息地环境恶化、种群数量减少，种质资源及野生亲缘种丧失，珍贵药用野生植物数量锐减，珊瑚礁、红树林破坏严重，近海天然渔业资源衰退。
农村生态环境质量持续下降。秸秆、畜禽粪便等各种养殖业的废物排放，农药、化肥等农用化学品的不合理使用，以及生活污水、垃圾污染，是当前农村环境面临的主要问题。
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